Mi historia comienza con una introducción que el jugador está obligado a ver. La voz de un tal Dan Owsen anuncia que el último Metroid está en cautiverio y que la galaxia está en paz, pero tengo mis dudas. Expongo los detalles de mis hazañas anteriores mientras quien tiene el control en las manos presiona los botones con ansiedad porque ya no puede esperar más para empezar. Puedo ver su impaciencia a través del visor de mi casco. Justo cuando me ataca un mal presentimiento, recibo una llamada de auxilio. Es aquí cuando noto que mi entorno es diferente, los colores son más vivos y mis movimientos más precisos, pero la atmósfera que se percibe es de soledad y desolación. Todos están muertos, aunque percibo una presencia que me espera entre las sombras.